Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
bối cảnh của những năm 1937 vào đêm trước của chiến tranh thế giới II,đó là những câu chuyện liên quan đến tổ chức đào tạo điệp viên bí mật.Họ đã tuyển cả những người không phải là sinh viên tốt nghiệp học viện quân sự để làm nhân viên của mình.Bắt đầu huấn luyện họ thành những tay điệp viên có đầy đủ kĩ năng lẫn kinh nghiệm.
English: Ghost in the Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG. Synonyms: Koukaku Kidoutai S.A.C. 2nd GIG, Ghost In The Shell S.A.C. 2nd GIG. Japanese: 攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG
Trong một tuơng lai không xa con người đã thành công trong việc định cư trên vũ trụ với các Colony khổng lồ trên quĩ đạo Trái Đất.Năm bắt đầu xây dựng các Colony được tính là năm After Colony thứ nhất.Trong một khoảng thời gian dài các Colony đã thành công trong việc bảo vệ nên độc lập của mình với Trái Đất
Một cô gái trẻ thần tượng nổi tiếng thế giới xếp loại S butei tên là Kanzaki Holmes Aria và kế hoạch theo từng bước của cô; Tuy nhiên, điểm kiểm tra của cô nhận được như là chỉ một hạng E! Aria có thể giúp những người mới trở thành một butei hạng nhất không?