Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.
Vui vẻ,hạnh phúc,đau khổ,đó là những cảm xúc vốn có của mỗi con người.Nó có thể khiến con người ta lạc lối cũng có thể giúp cho ta trưởng thành. Nhưng muốn trưởng thành được ta phải chiến đấu với nó. Câu chuyện của chúng ta cũng xoay quanh các cô gái với nhiều cảm xúc khác nhau và những cảm xúc đó đã biến thành 1 con người khác của họ tại 1 thế giới khác và đang ngày đêm chiến đấu cho đến chết
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.
Đây chính là một câu chuyện giả tưởng tập trung vào Keyar, một y sĩ chữa bệnh cho các đồng đội thám hiểm đi cùng và những y sĩ thì không thể nào tự mình có thể chiến đấu. Tuy nhiên, khi anh ta đạt được pháp lực cuối cùng và “chữa lành” vết thương thế giới. Anh đã quay trở về 4 năm trước để làm lại cuộc đời.