Do sự xâm lược của Disas-Những sinh vật đến từ vùng đất của cái chết, loài người đang trên bờ vực của sự diệt vong, được cứu bởi những cô gái mang sức mạnh ma thuật trong người. Ba năm sau, sự cố mới đột ngột xảy ra, cuộc sống đời thường của những cô gái trước kia nay đã biến mất
Fate/kaleid Liner Prisma-Illya là spin-off của Fate/stay night, với Illyasviel von Einzbern là nhân vật chính, một nữ sinh bình thường. Một ngày nọ, cây gậy phép ruby của tohsaka Rin (Kaleido Ruby) chán chủ nên bay đến chọn Illya làm chủ nhân, cùng lúc đó, cây gậy của Luvia (Kaleido shapphire ) cũng chọn chủ mới là bạn học của Illya.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt.
Đại gia tộc trừ tà diệt ma Tsuchimikado bước vào thời kì hoàng kim bậc nhất, danh tiếng vang xa khắp bốn bể dưới triều đại của Tsuchimikado Yako. Thế nhưng, tổ sư trừ tà Tsuchimikado Yakotrong trong một lần mắc sai lầm khiến cho phong ấn lối vào địa ngục bị phá vỡ, hàng vạn linh hồn ma quỷ trốn thoát và gây náo động khắp Tokyo. Kể từ đó, danh tiếng của gia tộc Tsuchimikado cũng tàn theo mây khói.
Aida Mana là một cô gái luôn hết mình giúp đỡ người khác. Một ngày, khi mà cô thăm Tháp Clover trong chương trình định hướng học đường của cô, một kẻ địch tự xưng là Selfish đột ngột xuất hiện và hắn âm mưu chiếm đoạt trái tim của cô ấy. Để chống lại kẻ địch, Aida đã mượn sức mạnh từ tiểu tiên Sharuru để hóa thân thành Precure