The story is set in August of 2026 at the Fuji Training Facility. Natori Touko, a third-year middle school student in the Eastern Private Defense Academy, is entrenched in field training with instructor Kamiya. It has been a harsh training regiment, but it is finally the last day. Kamiya proposes a extracurricular class under the name Newest Weapons Research. But then, an incident occurs that rocks all of Japan.
The Kingdom of Arandas Alliance and the Countries Unification of Ingelmia have been at war for many years. The situation has been at a stalemate across the fortress of the Great Wall, which has never been penetrated since the foundation of Arandas. The gate to the fortress has remained firmly closed, but when it creaks open, the complexity of war starts to change dramatically.
Makoto Edamura được cho là kẻ lừa đảo vĩ đại nhất Nhật Bản. Cùng với đối tác của mình, Kudo, họ cố gắng lừa một người Pháp ở Asakusa nhưng bất ngờ bị lật kèo. Người Pháp, người mà họ cố gắng lừa đảo, hóa ra là Laurent Thierry – một lão làng, kiểm soát các bằng đảng mafia.
Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện. Vài ngày sau Tsubomi chuyển đến Meidou Gakuen,đột nhiên tiên từ giấc mơ xuất hiện và kêu Tsubomi trở thành chiến binh huyền thoại Pretty Cure và bảo vệ cây Tree of Hearts. Từ đây, những Pretty cure mới ra đời!