Star Trek Into Darkness có nội dung xoay quanh Thuyền trưởng James T. Kirk và phi hành đoàn của tàu Enterprise, những người được giao nhiệm vụ truy lùng và bắt giữ một kẻ có vũ khí hủy diệt hàng loạt. Nhưng sau khi hoàn thành nhiệm vụ này, những gì diễn ra sau đó lại vượt quá sự tưởng tượng của họ.
Một nhà sinh vật học phân tử và đối tác trong phòng thí nghiệm của mình phát hiện ra bằng chứng cho thấy có thể thay đổi những đặc điểm cơ bản của xã hội mà chúng ta đang có.
Tháng 3 năm 1965, trong Chiến tranh Lạnh và cuộc chạy đua vũ trụ giữa Liên Xô cũ và Hoa Kỳ. Người Nga dự định đưa một phi công vào không gian. Phi công quân sự Pavel Belyayev và Alexey Leonov đã sẵn sàng bước vào không gian mở. Nhưng trên con đường họ phải đối mặt với nhiều trở ngại và nguy hiểm.
Một đơn vị quân đội ưu tú (SG-1) phải chạy trốn về Trái Đất trong khi hai thành viên trong số họ đột nhiên biến mất mà ko giải thích được . Nhưng họ trở về thế giới qua “cổng trời”-một cổ máy cổ xưa cho phép họ đi đến hàng trăm hành tinh – chưa bao giờ được khám phá và tiểu sử riêng của họ đã bị xóa bỏ. Giờ đây họ phải thuyết phục chính quyền và quân đội là thời biểu đã bị thay đổi bởi một thế lực ngoài hành tinh (Baal) để xâm chiếm trái đất và thời gian không đứng về phía họ.
Số phận của cuộc chiến trong tương lai phụ thuộc vào khả năng của một người đối đầu với những bóng ma trong quá khứ của anh ta. Nhân loại đang thua trước một cuộc xâm lược của người ngoài hành tinh, vì vậy để chống lại, các nhà khoa học đã tìm cách để lấy những người lính từ quá khứ vào tham chiến.