Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh
Ở ranh giới của 2 bờ, có 8 triệu vị thần, linh hồn người chết phục vụ cho Thần Linh, và có vài linh hồn giúp đỡ cho các sinh linh khác. Một cô gái trung học dễ thương tên Hiyori Iki liên tục bị các bạn gái cùng lớp bắt nạt và cô ấy chỉ biết chui vào phòng vệ sinh để khóc
Trong một thế giới giả tưởng xa xôi, người anh hùng huyền thoại đảm nhận một vị thần xác chết gọi hồn. Tuy nhiên, vị thần gọi hồn đã sử dụng con át chủ bài trong tay áo của mình trong những giây phút cuối cùng của trận quyết đấu hoành tráng.
Nakajima Atsushi bị tống cổ ra khỏi trại trẻ mồ coi, đang trên bờ vực của cái chết khi thì quyết định đi cướp để tự cứu sự sống của mình nhưng cậu đã vướng vào rắc rối khi cứu đc thánh cuồng tự tử -Dazai Osamu, để rồi biết anh ta và cộng sự của anh ta là Kunikida là thành viên của một tổ chức "đặc nhiệm thám tử". Họ là những người sở hữu năng lực vượt ngoài tầm của nhân loại.
Một học viện trên hòn đảo mà không có con thuyền nào thèm qua lại. Ở đó, học sinh được đào tạo không ngừng nghỉ để chiến đấu chống lại kẻ thù cho nhân loại. Nhân vật chính, một học sinh mới được chuyển đến đó, cũng lên đường với ý định diệt trừ mọi kẻ thù cho nhân loại.