Đã đến lúc đễ nếm trãi mùi vị của rồng như thế nào rồi! Thành viên của tàu Queen Zaza có thễ tự kiếm đủ sống bằng việc săn rồng.Thành công, và những thành quả trong công việc chính là những thứ quý giá nhất và có thịt gặm mỗi ngày, tất cả những điều đó đang chờ đợi với một kết thúc còn mơ hồ
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Câu chuyện thần thoại về kiếm và ma thuật xoay quanh một học viên của Đế quốc Roland,Ryner Lute.Vị vua sắp lên ngai Sion Astal đã yêu cầu cậu giúp đỡ xây dựng lại vương quốc Roland suy tàn sau chiến tranh bằng cách đi tìm các thánh tích truyền thuyết
Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS".
Lấy bối cảnh thời chiến quốc Nhật Bản (Sengoku Jidai) bắt đầu tử khoảng giữa thế kỷ 15. Sau khi hợp lực đánh bại Quỷ Vương Nobunaga ở phần 1 , Date Masamune-Độc Nhãn Long vùng Oushuu lại một lần nữa tái đấu với với Sanada Yukimura-Tiểu Hổ vùng Kai.