Paradigm City, một thành phố của sự mất trí nhớ và một nơi thuộc về. Nó vẫn còn lưu hành bởi quá khứ lãng quên và tàn tích của người lao động của họ do thiên tai 40 năm trước đây. Bị che đậy trong một bí ẩn giống như sương mù, nó giống với những người như Roger Smith chiếu sáng qua sương mù.
Thằng nhãi tóc vàng Reinhard von Lohengramm, một tài năng quân sự trẻ tuổi và là một đô đốc của Đế Chế Thiên Hà có những tham vọng hơn cả việc bảo vệ lãnh thổ và đánh bại quân thù. Anh ta muốn lật đổ thể chế cũ và trở thành một nhà độc tài chuyên chế vì dân.
Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Sora Kuroi sống một cuộc sống yên bình mặc dù không có ký ức về quá khứ của mình. Nhưng một ngày, thành phố của anh đột nhiên bị tấn công bởi một cỗ máy khổng lồ được gọi là "Vũ khí Nebula". Cùng với Thầy giống mèo và cô gái lolita gothic Ginko, anh ta bị kéo vào cuộc chiến, nhưng anh ta kết thúc với kẻ thù của bảy anh hùng đang làm việc để bảo vệ thành phố. Lý do chiến đấu của Soya bị khóa chặt trong ký ức của anh là gì?
câu chuyện kể về tương lai năm 2061 – thời điểm mà việc du hành vũ trụ đã được thương mại hóa. Một nhóm học sinh gồm 9 người của trường Trung học Caird đã bay vào không gian. Tuy nhiên, một sự cố đã khiến họ cách quê nhà đến 5012 năm ánh sáng. Với việc phát hiện ra một con tàu vũ trụ cũ, không người lái ở gần đó, những học sinh phải vận dụng mọi nguồn lực có hạn của mình để trở lại.