Bất chấp lời cảnh bảo của các nhà khoa học về khả năng hai cực của Trái Đất sẽ bị xoắn lại, hai cường quốc lớn vẫn lao vào cuộc chiến tranh sử dụng lực từ. Động đất và sóng thần xảy ra, phá hủy phần lớn nền văn minh nhân loại.
Từ xa xưa, cái ác bao trùm thế giới, mọi người sống trong sợ hãi, thế giới này được một kẻ có tên là Satan Rchimedes cai trị. Hắn xâm lược Nhân Giới bằng đội quân ma quỷ dưới trướng của mình, gây hỗn loạn ở khắp mọi nơi. Vào khoảng 1000 năm trước, mối đại họa này đã bị Dũng sĩ Creation chặn đứng. Và hòa bình đã trở lại với thế giới.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Năm là 2222. Đã từ rất lâu kể từ sự kiện Tân Nguyệt Thạch Lệ, một cơn mưa bí ẩn, trút xuống và xóa sạch gần như toàn bộ loài người. Cơn mưa độc hại này tạo ra những sinh vật biến dạng ăn thịt người, và nhân loại phải chạy trốn khỏi nguy hiểm
Trong một tương lai gần, một căn bệnh tên là "Cagaster" đã xuất hiện. Nó biến con người thành côn trùng. Câu chuyện bắt đầu sau 30 năm kể từ khi phát bệnh, vào năm 2125. Nó kể về cuộc phiêu lưu của Kidou chiến đấu chống lại côn trùng .