Batman Beyond được đặt trong bối cảnh thời gian tương lai của vũ trụ hoạt hình DC (mặc dù được phát hành trước Static Shock, Justice League, và Justice League Unlimited), và được coi là phần tiếp theo của cả Batman: The Animated Series và The New Batman Adventures.
Với sự trợ giúp từ anh trai và đồng bọn của mình, Tim, Boss Baby cố gắng cân bằng cuộc sống gia đình với công việc của mình tại trụ sở của Baby Corp.
Các Gems được cắt ra từ quê nhà của họ, và nó trở nên rõ ràng rằng những con quái vật và hiện vật mà họ gặp phải là Gems người đã mất khả năng duy trì hình thức giống con người có lý trí.
Sau khi Vong Ưu đại sư của Hàn Thủy Tự tọa hóa, một cỗ quan tài vàng thần bí nhập thế, vén lên phân tranh trong giang hồ. Thế lực các nơi đối chọi gay gắt, Lôi Vô Kiệt, Tiêu Sắt, Đường Liên, Tư Không Thiên Lạc, Thiên Nữ Nhụy lần lượt rơi vào phân tranh.
Equestria, một vùng đất bình yên và xinh đẹp, là nơi mà chủng tộc các pony sinh sống trong an lành và hạnh phúc dưới sự trị vì của Công chúa Celestia. Tại đó có một pony tên Twilight Sparkle vốn cần cù thông minh, học hành đến quên cả bạn. Một ngày kia, Twilight tình cờ đọc một câu chuyện cổ và phát hiện ra một mối hiểm nguy đang kề cận Equestria.