Câu chuyện đặt bối cảnh tại Onomichi, Hiroshima năm 20XX, khi mà cá voi là loài cá duy nhất còn sống trên biển. Vì thế, bộ Thủy sản quyết đinh xây những bể cá khổng lồ trong không gian. Liên minh thủy sản vũ trụ Onomichi được thành lập để đào tạo ngư dân không gian.
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
Vương quốc Phép thuật Klyrode triệu tập hàng trăm anh hùng từ các thế giới khác mỗi năm để chiến đấu trong cuộc chiến chống lại Bóng tối và đội quân quỷ mạnh mẽ của hắn.
Chuyển thể từ game đi động cùng tên là câu chuyện về một anh chàng tỉnh dậy ở thế giới phép thuật không có ký ức gì và Cuộc phiêu lưu của chàng trai ấy và các nữ pháp sư xinh đẹp bắt đầu.
Thế giới đã trải qua bao nhiêu kỳ “Cát bụi”, và dần dần sắp lụi tàn. Để có thể cứu thế giới khỏi đợt “Cát bụi cuối cùng”, mọi người đã tụ tập cùng nhau hợp sức để có thể khôi phục lại ngành công nghệ giả kim bí truyền của thành phố được biết đến với cái tên “Central”.