Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.
Flute là một cô gái sống tại làng nhỏ Staccato vương quốc Sforzando, cho đến khi bức tường của Nữ hoàng Horn bị phá hủy, Flute biết cô là con gái của nữ hoàng . Để bảo vệ thế giới khỏi sự đe dọa của binh đoàn Ma Quỷ, cô phải đi đến Sforzando với người bạn thời thơ ấu bí ẩn của cô, Hamel, người vẫn còn phải tìm hiểu sự thật về di vật mẹ mình để lại.
Utsutsu và Yume Hasegawa đã phải sống nương tựa vào nhau từ nhỏ. Một ngày, Yume nhìn thấy những con bướm màu đỏ và cơ thể của cô bé bắt đầu biến đổi! Câu chuyện cảm động về tình anh em bắt đầu
Nhân vật chính Kiba là Zed, 1 cậu bé 15 tuổi sống tại nơi được gọi là "Calm". Cậu ấy cảm nhận được có nơi khác phù hợp với cậu hơn. Và vào 1 ngày nọ, cậu được 1 làn gió bí ẩn đưa vào thế giới khác, nơi mà các pháp sư gọi là "Ngọc Sư" triệu hồi các Tinh Linh để chiến đấu.