Một ngày nọ, cậu học sinh cao trung mê game, cuồng kẹo Shiroyanagi Akira bị kéo vào một trận chiến bởi một cô gái bí ẩn tự xưng là Mion. Những người tham gia được thông báo rằng họ đã "bị xóa tên khỏi hộ khẩu gia đình, tham gia vào một thí nghiệm và được ban sức mạnh đặc biệt.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm). Mỗi tập phim là một câu chuyện khác nhau kể về hành trình tiêu diệt các Mushi của Ginko, đầy màu sắc huyền bí và ảo ảo
Câu truyện xoay quanh cậu bé Sakurai Tomoki, cậu được anh senpai Sugata Eishirou và người bạn từ thuở nhỏ Mitsuki Sohara rủ đi xem vật thể lạ bay ngang bầu trời thị trấn vào lúc nửa đêm. Nhưng rốt cuộc chỉ có mình Tomoki đến và rồi từ trên trời rơi xuống là một Thiên Thần tên Ikaros. Cô ấy ràng buộc với Tomoki ngay sau khi thức tỉnh bằng sợi xích và có thể thực hiện bất cứ điều ước nào của cậu ta.
Một học viện trên hòn đảo mà không có con thuyền nào thèm qua lại. Ở đó, học sinh được đào tạo không ngừng nghỉ để chiến đấu chống lại kẻ thù cho nhân loại. Nhân vật chính, một học sinh mới được chuyển đến đó, cũng lên đường với ý định diệt trừ mọi kẻ thù cho nhân loại.
Chừng nào con người còn trái tim thì sẽ luôn có những người phải chịu đau khổ. Và sau đó, một thứ gì đó “lạ” đã xâm nhập vào tâm trí họ, gây ra một căn bệnh lạ.