Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
orey là một con người, cậu ta lớn lên ở thế giới của những vị thần Seraphim, những vị thần đó không thể nhìn thấy con người. Sorey tin trong văn học dân gian nói rằng “từ lâu, con người đã có thể nhìn thấy các vị thần Seraphim”, ước mơ làm sáng tỏ những bí ẩn cổ xưa để làm cho thế giới mà con người và thần Seraphim có thể sống với nhau
Cardia có một chất độc chết người nằm trong cơ thể của cô, và cô được gọi là một con quái vật. Một đêm, cô gặp một người bí ẩn gọi mình là Arsène Lupin, người dẫn cô đến Industrial London. Từ đó, cô gặp nhiều người khám phá ra những sự thật và những câu chuyện có thật đằng sau những người lạ mặt và và vùng đất bí ẩn, nhằm khôi phục lại ký ức của cô và tìm kiếm cha cô, người nắm giữ chìa khóa ở London.
Chuyện về hai nàng công chúa song sinh -Fine và Rein trên đường đẩy lùi cái ác với sự trợ giúp của Poomo
Câu chuyện theo bước chân của ba cô nàng học sinh cao trung năm nhất năng động: Midori, Tsubame, và Sayaka. Họ đã gặp gỡ nhau trong câu lạc bộ Eizouken (CLB nghiên cứu video) để biến ước mơ anime thành hiện thực. Midori lo lắng về việc làm anime một mình. Cô đã gặp gỡ Tsubame