Câu chuyện xoay quanh Minato Kiyoumizu, một chàng trai đã bỏ chơi bóng nước sau một sự cố vào mùa đông năm thứ ba trung học cơ sở. Sau khi vào trung học, anh ấy đã hứa và quyết định thử lại môn bóng nước và tham gia vào đội của trường với bạn bè của mình.
Nhóm "Colors" là ba cô bé vui chơi cùng nhau, và các cô sẽ bảo vệ hòa bình cho thành phố của các cô. Bọn họ rất vui khi chơi cùng nhau, họ cùng nhau chơi game, giải đố, và đi vườn thú. Câu chuyện kể về cuộc sống thường nhật vui vẻ của các cô.
Vì một lý do nào đó, cô bé Mizuki Hijiri phải chuyển trường vào giữa năm học. Tại ngôi trường mới, cô đã gặp gỡ những cậu bạn, và ai cũng đang mắc hội chứng Chuubyou (Hội chứng ảo tưởng tuổi mới lớn). Cậu bản Noda mơ ước trở thành siêu anh hùng; anh chàng otaku đẹp trai “hiếm có khó tìm” Takashima nhưng chỉ yêu gái 2D
Studio Comet hình như có dự định sẽ làm phần 3 cho School Rumble, lấy tên là San Gakki. Nội dung của phần này sẽ là những sự kiện xảy ra ở học kỳ 3 trong manga (tức là tiếp nối ngay sau kết thúc Ni Gakki).
Komiya Nonoka, một cô gái đã từng sống tại thị trấn hồ Kiriya, tại đây cô đã gặp một cô gái tóc xanh tên Noel. Bảy năm sau, khi Nonoka quay trở về lần nữa thì thị trấn lúc này đã có một vật hình đĩa lơ lửng trên bầu trời. Và khi gặp lại Noel, Noel nói giờ đến lượt Noel sẽ thực hiện lời hứa thành hiện thực.