Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Câu chuyện kể về anh chàng Yuiga Nariyuki con nhà nghèo, vượt khó, học giỏi. Để đạt được học bổng toàn phần trong trường cao trung của mình, cậu được giao một nhiệm vụ "nho nhỏ", đó là làm gia sư cho hai cô gái thiên tài: Furuhashi Fumino - thần đồng văn học và Ogata Rizu - thần đồng khoa học, để họ có thể đậu vào trường đại học mơ ước của mình.
Bị tổn thương bởi sự cố thời thơ ấu với một người bạn, người đã phản đối tình yêu của anh ấy với búp bê truyền thống, nghệ nhân búp bê đầy hy vọng – Wakana Gojō đã vượt qua những ngày tháng cô độc, tìm kiếm niềm an ủi trong căn phòng sinh thái tại trường trung học của mình
lấy bối cảnh tại trường cấp III Hikarizaka tại một thị trấn nhỏ của Nhật. Okazaki Tomoya là một học sinh năm 3 lười nhác, không chịu học hành cẩn thận. Cậu ta thường xuyên đi học muộn, lơ là, chểnh mảng việc học, trong khi các bạn đang tập trung ôn luyện chuẩn bị cho thi cử. Tất nhiên là cậu ta không có nhiều bạn thân.
Học sinh năm hai Hikari Tsutsui là một "2D otaku" thứ thiệt, bị thu hút bởi thế giới 2D trong những quyển sách và thiết bị của cậu. Một tai nạn kỳ quái đã đưa cậu vào một mối quan hệ với Iroha Igarashi xinh đẹp và những ngày cậu bị cô bạn gái làm phiền bắt đâu. Hãy cùng Hikari lội qua những con sóng để đánh bay cái otaku ra khỏi cậu.