Sau cái chết của Toutaku Chuuei (Đổng Trác) và sự mất tích của Ryofu Housen (Lữ Bố) ở Season 1. tại Season 2 này Sonsaku Hakufu (Tôn Sách), cùng với Ryuubi Gentoku (Lưu Bị) sẽ chiến đấu với ma vương Sousou Moutoku (Tào Tháo), ai sẽ là người chiến thắng xem sẽ rõ
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
Akira Nikaido - Một học sinh hư hỏng, hay lêu lổng, trốn tiết luôn nghĩ rằng cuộc sống này thật quá đỗi bình thường và nhàm chán cho đến khi cậu gặp Shirogane - Người đàn ông bí ẩn với mái tóc dài màu bạch kim thướt tha, nói rằng số phận của cả 2 là gắn liền với nhau.
Quyết tâm chiến thắng giải J cadet (giải đua mở rộng dành cho các tay đua thiếu niên Nhật Bản), Capeta ráo riết đuổi theo Isamu và Takeshi, hai tay đua của Autohouse. Cuối cùng, cậu đã vượt qua hai tay đua trên và giành chiến thắng tại vòng đua cuối.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.