Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto
Ở xứ Gamindustry nọ, có 4 nữ thần cai trị 4 vùng đất khác nhau Planeptune, Lastation, Lowee và Leanbox Ngày qua ngày, họ đánh nhau chí chóe để tranh giành đất đai, thị trấn, để có được Shares - Nguồn sức mạnh của họ Nhận thấy rằng cuộc chiếc này hại đối với quốc gia của mình còn hơn là lợi
ở thế kỷ 15 tại Pháp trong cuộc chiến suốt cả Trăm năm với nước Anh. Montmorency, con trai của một quý tộc, đắm mình trong việc học phép thuật và thuật giả kim tại một trường học dành cho các hiệp sĩ. Tuy nhiên, sau khi Pháp thất bại tại Agincourt, ngôi trường này đã tan rã và Montmorency buộc phải trốn chạy. Trong khi chạy, cậu gặp một cô gái thôn quê thần kỳ tên là Jeanne