Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Thời đại là thời Chiến quốc đầy biến động ở Hinomoto. Kinokuni, vùng núi và biển chưa được khám phá. Ở sâu trong rừng sâu này, có một nhóm sử dụng "Yatagarasu" làm biểu tượng cờ của họ và sử dụng súng làm vũ khí. Tên của họ là "Saikashu"
Câu chuyện kể về Oota Shou - một cậu bé có ước mơ được chơi trên sân Nou Camp của Barcelona để khẳng định chính mình. Ước mơ còn chưa thành thì đội bóng của cậu đã bị giải tán do không đủ cầu thủ (cả đội chỉ còn có mỗi cậu ta). Nhưng sau khi gặp 1 tuyển thủ bóng đá, cậu quyết chí đưa đội bóng của mình trở lại và vươn tới đỉnh cao.
Vào thế kỉ 21, EI-01 – một dạng sống ngoài hành tinh – xuất hiện phá hủy một tàu thăm dò ngoài quỹ đạo và rơi vào trái đất. Sau đó nó hấp thụ một số lượng lớn máy móc trên mặt đất và rồi biến mất không để lại bất kì dấu vết nào. Cũng cùng thời điểm này, 1 con sư tử máy bí ẩn tên Galeon đến trái đất cùng Mamoru, 1 cậu bé ngoài hành tinh. Galeon giao lại Mamoru cho 1 cặp vợ chồng nuôi dưỡng rồi bay đi. Sau sự việc EI-01 này chính phủ Nhật Bản thành lập 1 tổ chức bí mật để xử lý các vụ việc liên
Minami Itsuki (Ikki) là một học sinh và cũng là một tay anh chị khét tiếng. Cậu được mệnh danh là “mặt sữa vô địch” và cầm đầu băng nhóm “East Side Gunz”. Ikki sống cùng với chị em nhà Noyamano bí ẩn và quyến rũ. Sau khi bị đánh bại bởi một nhóm Storm Rider có tên là Skull Saders, Ikki tình cờ phát hiện ra bí mật của chị em nhà Noyamano, họ thực ra là thành viên của nhóm Stormrider Sleeping forest.