Trong phim, khi tổng thống Mỹ (Aaron Eckhart thủ vai) bị bắt giữ và nhốt dưới hầm trú ấn Nhà Trắng còn bọn khủng bố ở bên ngoài sẵn sàng tấn công nước Mỹ bất cứ lúc nào, tất cả niềm hi vọng đều được đặt lên vai nhân viên đặc vụ Mike (Gerard Butler). Anh là cựu mật vụ bảo vệ tổng thống và lên một kế hoạch liều lĩnh để chống lại hơn 40 kẻ thủ bên trong Nhà Trắng.
Hai năm sau kết thúc của phần 1 (The Bourne Identity), Bourne (Matt Damon) và Marie (Franka Potente) đang sống ở Goa, Ấn Độ. Trong những giấc mơ, Bourne luôn bị ám ảnh bởi một nhiệm vụ ám sát tại Berlin. Tại Đức, một số nhân viên CIA dưới sự chỉ đạo của phó giám đốc Pamela Landy đang thực hiện giao dị
Kesuke Miyagi (Pat Morita) đến Boston để tham dự lễ tuyên dương các chiến binh của trung đoàn 442 trong trận thế chiến thứ 2. Ở đó, ông gặp Louisa Pierce (Constance Towers), vợ góa của trung úy Jack Pierce.
Jack Ryan, một chuyên gia phân tích của CIA, tình cờ đã cứu mạng hoàng tử xứ Wales trong một âm mưu ám sát của tổ chức khủng bố Ulster Liberation Army. Sau đó Ryan và gia đình mình bị tổ chức săn lùng để giết, không chỉ vì mục đích trả thù mà chủ yếu còn là phá hoại sự ủng hộ của công chúng đối với PIRA. Sát thủ mà ULA gửi đi ám sát Ryan đã bị ngăn chặn kịp thời nhưng Hoàng tử và công chúa xứ Wales sau đó lại đến nước Mỹ thăm Ryan, cho ULA một cơ hội khác để ra tay...
Một cặp vợ chồng hưởng tuần trăng mật tại Ma-rốc nhưng không may họ gặp phải một tai nạn xe hơi chết người khi đang ở giữa sa mạc.