Đây là ss2 của Darker than Black. In the sequel, Hei and Yin are now on the run after betraying the Syndicate in the previous season. After leaving Japan, Hei encounters Suou Pavlichenko, a 13-year-old Eurasian girl who becomes embroiled in the war and politics of the various factions and Contractors vying for power.
Chuyện kể về một cô bé đi tìm thằng khốn nạn dám hôn trộm và chuốc thuốc mê cho mình xong rồi hắn... hắn... hắn.
Shu là một cậu bé Nhật Bản điển hình, có thái độ lạc quan và quyết tâm, tuy nhiên khi cậu ta thấy một cô gái bí ẩn ngồi trên ống khói, cậu bị lôi vào một thế giới mới đầy cát . Shu sớm phát hiện ra những nỗi sợ hãi tột cùng của chiến tranh, trong đó bao gồm tội diệt chủng, tra tấn tàn bạo, đói, khát, và "sản xuất con cái"
xoay quanh Daimon Kaito, 1 nam sinh yêu thích những câu đố (puzzle) đang học tại học viện Root. Một ngày, chủ tịch hội học sinh chỉ dẫn cậu tới 1 khu vực đổ nát dưới lòng đất của trường, tại đó cậu cùng với cô bạn gái Nonoha cùng nhau giải 1 câu đố được xem là "không thể giải được", do một tổ chức tình báo bí hiểm tên POG làm ra. Khi giải nó thành công, Kaito trở thành 1 "người giải đố", và từ đây cậu phải hợp tác với những người giải đó khác chống lại những bí ẩn mà POG đặt ra trên toàn thế
Vào năm 1604, bốn năm sau trận chiến lịch sử Sekigahara. Người dân đang cố gắng khôi phục lại cuộc sống từ hậu quả của nó và tận hưởng sự thái bình vừa đạt được. Trong bối cảnh đó, Yuya Shiina, một nữ săn tiền thưởng từ việc bắt tội phạm, đã tóm một thầy thuốc lang thang, yêu chuộng hòa bình Mibu Kyoshiro vì tội ăn “quịt”. Đang tìm cáchdẫn Kyoshiro đi báo quan, đột ngột một con quái vật kì dị xuất hiện, đòi giết Kyoshiro. Trong khoảnh khắc cận kề cái chết, mắt của Kyoshiro chuyển sau màu đỏ