Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới nơi đất liền đang bị nuốt chửng bởi Biển Tuyết Vĩ Đại. Nhân loại đang trải qua một cuộc sống khắc nghiệt bên trên Tenmaku (một cách chơi chữ trong từ tiếng Nhật có nghĩa là lều), trải dài từ gốc đến ngọn của những Cây Quỹ Đạo khổng Lồ.
Vào ngày sinh nhật lần thứ 16 của mình, Himari Momochi nhận được một lá thư thông báo rằng cô đã thừa kế một biệt thự có tên là "Ngôi nhà Momochi". Sau khi được nuôi dưỡng tại cô nhi viện, ngôi nhà này là thứ duy nhất còn lại của gia đình thực sự của cô, vì vậy Himari không để ý đến những tin đồn rằng nó có thể bị ma ám
15 năm trước, một cánh cổng xuyên không gian kì bí đã mở ra ngay trên Thái Bình Dương. Bên kia cánh cổng là Reto Semaani – một thế giới khác, nơi có thần tiên và quỷ dữ cùng tồn tại.
The power of the saint is all around. Takanashi Sei là một nữ nhân viên văn phòng tuổi 20 có chút tham công tiếc việc. Trong một buổi tối về nhà sau giờ làm thêm, cô đột nhiên bị một luồng ánh sáng bao phủ và bị triệu hồi sang thế giới khác dưới thân phận "Thánh Nữ".
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.