Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru
Thời đại Mạc Phủ. Nơi Kinh Đô không còn là Kyoto, mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại. Một cô bé tên Yukimura Chizuru trên con đường tìm kiếm cha mình đã lạc vào Tân Đảng và cùng chiến đấu với những kiếm
Bảy ngôi chùa... ý nhầm 7 ngôi trường liên tục choảng nhau giành gái đẹp title=09 và những học sinh các bên bao gồm nam thanh nữ tú và cả gay trap hiển nhiên trở thành những sát thủ trong phòng ngủ. Cuộc đời và số phận họ gắn liền với một loại trang sức kì lạ mang tên BCS
Mỗi 243 năm sẽ có một trận Thánh chiến giữa Athena và Hades. Hades đã gửi Spectres đến ám sát Athena. Nhóm Seiya lại một lần nữa bảo vệ Athena và Sanctuary.
Nằm trong một ngôi trường cũ, chính là CLB GJ (viết tắt của Good Job), và Shinomiya Kyouya đã bị bắt gia nhập bằng vũ lực.Các thành viên còn lại bao gồm:- Mao: chủ tịch lùn mà tự cao.- Megumi: em gái của Mao, một bé rộng lượng.- Shion: một thiên tài ngốc- Kirara: một bé thường xuyên đói bụng.