Bên ngoài trông như một nữ sinh trung học bình thường nhưng Kusakabe Maron thực chất là kiếp sau của Jeanne d’Arc. Với sự giúp đỡ của một thiên thần tên là Fin Fish, vào buổi tối, Maron trở thành Kaitou Jeanne để phong ấn bọn quỷ trốn trong những thứ đẹp đẽ làm hại chủ nhân của chúng.
2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.
Mirai là một cô gái 13 tuổi đang sống trong từ con người. Một ngày cô chứng kiến một đối tượng rơi bí ẩn từ trên bầu trời vào công viên. Hào hứng, cô mang con gấu nhồi bông của mình Mofurun với cô ấy để xem nó là cái gì. Khi cô ấy có cô thấy một cô gái tên là Riko bay trên một cây chổi. Riko là cùng tuổi và từ thế giới huyền diệu.
Sakai Yuji - 1 cậu học sinh cao trung bình thường không có gì nổi bật. Cuộc sống của cậu vẫn êm đềm trôi qua như bao người khác. Và đó cũng chính là mong muốn duy nhất trong cuộc đời cậu.Thế nhưng mong muốn giản đơn ấy không thể thành hiện thực. Vào 1 ngày, trên đường đi học về thì bất chợt, cậu bị vướng vào 1 cuộc chiến kinh hoàng với những con quái vật chuyên hút sinh lực của loài người.Tưởng như cuộc đời chấm dứt, bỗng nhiên 1 cô gái với mái đỏ và đôi mắt rực lửa xuất hiện và giải cứu. Chưa
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.