Tôn vinh y thuật chân chính, đề cao nhân cách trị bệnh cứu người. Thần y truyền kỳ là bộ phim kể về thời chiến quốc, một biến cố đã xảy ra khiến công chúa Triệu quốc Bán Hạ trở thành trẻ cô nhi. Cô lưu lạc nhân gian, tình cờ quen biết được với hai đệ tử của Thương Truật thần y là Cẩu Bảo và Độc Hoạt, cùng với con gái của ông là Đinh Hương.
Lấy bố cảnh thời vua Tần Thủy Hoàng, phim xoay quanh đời sống chính trị cũng như tình cảm của vua Doanh Chính. Bắt đầu là cuộc tuyển phi, các công chúa của các nước đến dự tuyển nhằm kết chặt tình hữu nghị giữa các nước. Cuối cùng Mẫn Đại của nước Triệu được chọn làm hoàng hậu còn A Nhược của nước Tề được làm phi. Từ đây, phim Đại Đế Tần Thủy Hoàng xảy ra chuyện tình rắc rối của chốn cung đình khi Đại mẫn sinh ra Phù Tô rồi tự tử để lại con cho Lê khương - thân cận của nàng chăm sóc. Bên cạnh
cô nương ngang ngược Ban Họa (Quan Hiểu Đồng đóng) 3 lần bị từ hôn lại vô tình gặp gỡ công tử thanh cao lạnh lùng Dung Hà (Hầu Minh Hạo đóng), từ tình cờ gặp gỡ lại tạo nên tình yêu tuyệt đẹp.
Sau khi Càn Long băng hà, Vĩnh Diễm lên ngôi, lấy hiệu là Gia Khánh. Tuy nhiên, Gia Khánh chỉ là vị vua hữu danh vô thực. Mọi quyền hành đều nằm trong tay Hòa Thân. Trước nguy cơ triều đại suy vong, Gia Khánh thuyết phục con trai của Hòa Thân – Phong Thân Ân Đức (do Hà Quảng Bái đóng), và tâm phúc Phúc Trường An (do Trần Sơn Thông đóng) bày kế tiêu diệt Hòa Thân cùng phe cánh.
câu chuyện trong suốt 19 năm, Phùng Bảo nhiều lần cử vạn phu trưởng đến kinh thành nghe ngóng về tung tích của “Đại Âm Đồ Nhã”. Bọn họ đột nhập vào phủ Thụy Vương, xông thẳng đến chỗ Đại Âm Đồ Nhã, nhưng lại thấy bên trong trống không. Hóa ra tiên đế đã ban Đại Âm Đồ Nhã cho Bội Chương tướng quân từ lâu nhưng lại bị kẻ khác trộm đi mất