Tiếp tục sau khi cô nàng Sakura Trees trở lại. Dựa trên một phần tiếp theo của trò chơi PS2 DaCapo gốc, câu chuyện một lần nữa sẽ diễn ra vào Hatsunejima, nhưng được thiết lập 53 năm sau khi các sự kiện của DC và DCSS. Mặc dù một số ký tự có thể sẽ xem xét một chút quen thuộc để mắt khởi xướng, dàn diễn viên là một cái mới.
Câu chuyện bắt đầu từ sự phản bội của Kì Lần - Judas và Phượng Hoàng - Luca, họ đã bị bị Chúa giam giữ ở địa ngục. Sau một ngàn ngày đêm, họ đã trốn thoát với một ý định trả thù Chúa và tạo ra một thế giới địa ngục. Ngay sau đó, những Thần Hộ Mệnh được gửi đến trần gian đã bắt đầu dần biến mất, trên Thiên Đường không ai có thể giải thích điều này. Bốn vị Thánh Thú đã được Nữ Thần kêu gọi, sau đó họ đã đến trần gian và kiểm chứng về những việc đang xảy ra. Khi đến nơi họ đã gặp một Thần Hộ Mệnh
Trong thế giới cõi âm, các thiên sứ chiến đấu cho tương lai và số phận của mình. Nhân vật chính là Yuri, người đứng đầu tổ chức Shinda Sekai Sensen (Chiến tuyến thế giới cõi âm) chống lại thánh thần, những kẻ đã gán cho cô một cuộc sống vô nghĩa. Bên cạnh đó, Tenshi, vị nữ chủ tịch hội học sinh thế giới cõi âm, cũng lãnh đạo các Thiên sứ ngăn chặn cuộc bạo động của tổ chức SSS. Một bên là các thành viên SSS được trang bị vũ khí chiến đấu tối tân, một bên là các Thiên sứ mang trong mình sức mạnh
1 thằng dại gái đi với 1 con bé siêu chảnh, sau đó gặp 1 con nhóc hám tiền và 1 đứa con gái suốt ngày thích chơi bịt mắt bắt dê, sau đó có thêm 1 chàng xác ướp và 1 em hám giai vào pt
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.