Will, một cậu bé con người được sinh ra với ký ức mơ hồ về kiếp sống trước của mình. Cậu được ba undead nhận nuôi từ khi chỉ mới lọt lòng. Suốt thuở ấu thơ sống tách biệt với thế giới bên ngoài, cậu vô thức nhận ba kẻ dị loài kia trở thành gia đình của mình khi nào chẳng hay. Song tuy hạnh phúc là thế, dường như ba undead vẫn còn dụng ý nào khác?
Vào một đêm hè 2006, khi còn là hai chú bé, hai anh em Mutta (1993) và Hibito (1996) đã nhìn thấy một vật thể lạ bay tới mặt trăng. Họ đã quyết định trong đêm đó rằng tương lai sẽ trở thành những phi hành gia bay vào vũ trụ. Năm 2025, Hibito đã trở thành một phi hành gia và chuẩn bị bay lên mặt trăng.
While Gunbusters final mission destroyed the space monsters star system, the intergalactic war still continues. Earths only hope lies in the hands of "TOPLESS," an elite mecha group with children possessing supernatural powers and new Buster Machines. Among their ranks is a rookie named Nono and the ace pilot LalC—whom Nono looks at as a "big sister." Together with their teammates Nicholas and Chiko, they must aim for the top and protect all of mankind from the wrath of the space monsters.
Trong tương lai xa, loài người bị đẩy vào thế giới sâu thẳm dưới lòng đất gọi là Labyrinth và họ đang sống kề vai nhau. Mê cung có một số thuộc địa với môi trường khắc nghiệt chẳng hạn như một thuộc địa có nhiệt độ cực cao, trong khi một thuộc địa khác chứa đầy vàng và bạc.
Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.