Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi
Kokonose Chuta "lẩm bẩm" không có nhiều bạn bè, mà thực ra, ngoại trừ người thân thì người duy nhất cậu nói chuyện là giọng nói trong đầu cậu. Dần dần thì cậu cũng nhận ra không phải cậu bị điên, chỉ là có một người ngoài hành tinh sống trong cơ thể cậu.
Thời đại là thời Chiến quốc đầy biến động ở Hinomoto. Kinokuni, vùng núi và biển chưa được khám phá. Ở sâu trong rừng sâu này, có một nhóm sử dụng "Yatagarasu" làm biểu tượng cờ của họ và sử dụng súng làm vũ khí. Tên của họ là "Saikashu"
Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.