Sau khi các nhà khoa học và học giả dự báo về thảm họa toàn cầu: một thiên thạch sẽ đâm vào Trái Đất trong tương lai gần, chính phủ các nước đã tổ chức họp kín để đề ra các kế sách ngăn ngừa mối hiểm họa này. Một trong số đó là dự án "7SEEDS". "7SEEDS" được thành lập nhằm lưu giữ và duy trì con người phòng trường hợp cả nhân loại bị tuyệt diệt sau cú va chạm giữa thiên thạch và Trái Đất
Câu chuyện xảy ra tại tương lai nơi đế chết Garrufa đang cố gắng xâm chiếm trái đất. Và người trái đất đã thiết lập nên 1 tổ chức mang tên GEAR cùng với sức mạnh của siêu vũ khí Dendoh nhằm bảo vệ trái đấu.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái
Because of the legend left by Tatsuya Uesugi, Meisei Academy High School was well-known for their strong baseball team. But 26 years after their glory, the team has not been able to keep their record and has since lost their fame.
Hizutome Rakurou rất thích thể loại game rác. Thử thách tiếp theo của cậu là game thánh - Shangri-la Frontier với tổng số người chơi lên tới 30 triệu người. Tập hợp đồng đội trong một thế giới rộng lớn và gặp những kẻ thù cũ trên đường đi, cậu sẽ thay đổi số phận của mọi người chơi.