Giai đoạn kết thúc thời kỳ Edo, khác với thời đại chúng ta, thảm họa tự nhiên ập đến đánh thức tiềm tàng của con người. Manjiro kiếm sống bằng nghề giúp người dân trong thị trấn gặp khó khăn, nhưng đằng sau những việc đó ông cũng hoạt động bí mật để lấy lại đồ vật quý giá bị đánh cắp từ bọn có quyền thế và đe dọa trong thị trấn. Mọi người gọi ông là Get-backer Roman.
Câu chuyện diễn ra với bối cảnh cận trung cổ, khi các phù thủy đều bị giáo hội săn lùng vào thiêu sống. Gái đẹp thiên tài ma nữ Zero cùng cùng chàng linh đánh thuê người thú hóa lên đường đi tìm lại quyển Book of Zero, vốn do gái đẹp Zero viết ra nhằm khiến thế giới tốt đẹp hơn nhưng lại bị sử dụng sai mục đích ban đầu
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
During the back-end of the 19th century, the genius but socially awkward engineer Sorano Appare and the wise yet cowardly samurai Isshiki Kosame find themselves drifting in the sea between Japan and America. With no money, the duo decide to enter the Trans-America Wild Race to win the prize money so they can get home.