Sự ra đời của công chúa và hoàng tử song sinh là báo hiệu cho sự diệt vong của vương quốc sẽ đến khi công chúa tròn 16 tuổi. 15 tuổi, để tránh định mệnh phải chết Pacifica phải trốn chạy sự truy đuổi của nhiều lực lượng khác nhau dưới sự bảo vệ của anh trai và chị gái nuôi. Liệu Pacifica có phải sử dụng sức mạnh thật sự của mình?
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Trong năm 298 từ thời của các vị thần, các học sinh tiểu học Sumi Washio, Sonoko Nogi và Gin Minowa được giao nhiệm vụ quan trọng. Họ sẽ trở thành anh hùng và chiến đấu với Vertex, một kẻ thù bí ẩn đang tấn công Shinju-sama, cây thần để bảo vệ Shikoku, khu vực duy nhất trên thế giới vẫn còn sống được. Điều mà họ không biết là cuộc chiến này sẽ tốn kém nhiều hơn những gì họ có thể tưởng tượng được.
Câu chuyện này nói về một cô gái 15 tuổi là một thần tượng mới mẻ trong tình yêu với anh trai của người bạn thân nhất cũng là một thần tượng nổi tiếng. Nhưng cô lại gặp một chàng yakuza đáng sợ và biết rằng mẹ cô là một cô gái kỳ diệu, và người yakuza là linh vật của cô.
Hằng năm, hoa anh đào nở rộ khắp hòn đảo Hatsunejima luôn ban điều ước của mọi người thành sự thật, đó là 1 điều bí ẩn mà vẫn chưa ai giải thích được Asakura Jun’ichi, người có khả năng nhìn thấy mọi giấc mơ của người khác khi đang ngủ, ngoài ra còn có khả năng tạo bánh ngọt loại nhỏ do bà của anh truyền lại. Rồi 1 ngày nọ, Jun’ichi thấy 1 cô gái, người bạn ấu thơ của anh, xuất hiện đứng kế bên cây hoa anh đào lớn nhất trong giấc mơ của mình. Tuy nhiên, trước khi Jun’ichi kịp khám phá người đó