câu chuyện của thế giới trong một tương lai gần, cả thế giới được duy trì hòa bình bởi một tổ chức đặc biệt là Sumeragi Group, thế nhưng tổ chức này nằm ngoài tầm kiểm soát của mọi người bởi bên trong cái vẻ ngoài mong muốn hòa bình thì họ lại là những người có sức mạnh vô cùng đặc biệt về vũ lực và chuyên làm những thí nghiệm vô nhân đạo đối với loài người.
Game nguyên tác lấy bối cảnh tại Học Viện Goryoukan - Trường tư thục dành cho nữ với một khuôn viên rộng lớn. Ngôi trường danh tiếng này lại đang lưu giữ một bí mật. Nó là nơi tổ chức và huấn luyện đơn vị đặc biệt, đó chính là Lực Lượng thứ 5 bảo vệ thế giới khỏi những vật thể siêu nhiên vô hình gọi là Oburi đang nuốt chửng thế giới này.
Kano Kyosuke đã từng sống dưới bóng của Seisuke, người anh trai thành công của cậu ấy, trong bóng đá. Chán nản cậu trở về Nhật bản và lèm quen với những người bạn mới, rồi dần tìm lại được niềm vui trong bóng đá.
Koumi một hòn đảo xinh đẹp tại Thái Bình Dương. Trên đảo, người dân truyền từ thế hệ này sang thế hệ khác về một câu chuyện rằng trong một cung điện cổ dưới đáy biển, 2 nữ cướp biển huyền thoại - Anne Bonnie và Mary Reed đã cất giữ kho báu cả đời của mình. Khi Conan cùng đội thám tử nhí đi nghỉ mát tại đảo Koumi, họ gặp một vài người săn tìm kho báu. Có rất nhiều điểm đáng ngờ về những người này và mọi người bị cuốn hút vào việc săn tìm kho báu. Tuy nhiên họ không ngờ rằng việc săn tìm kho báu
Chánh thanh tra Niemans phải đối mặt với những sự kiện bí hiểm khi điều tra hàng loạt vụ giết người mang màu sắc tôn giáo. Nạn nhân là 13 người trong một bức ảnh. Một tổ chức tội ác núp dưới vỏ bọc tu hành tìm mọi cách cản trở nỗ lực phá án của cảnh sát.
Tại Warsaw, hai nàng tiên cá được đưa vào một quán rượu. Trong khi một nàng luôn khát khao tìm đến tình yêu, thì người còn lại luôn thèm thuồng ăn tươi nuốt sống những người địa phương.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.